Duda Ernő genetikusként végzett (ELTE TTK), oktatói és kutatói pályáját a Budapesti Orvosegyetemen (ma Semmelweis Egyetem), a Straub F. Brunó által vezetett intézetben kezdte, itt írta doktori értekezését is.

A Szegedi Biológiai Kutatóközpont megalakulásakor jött Szegedre, a Biokémiai Intézet tagjaként, ahol azóta 42 évet töltött el. A Venetianer Pál vezette csoport tagjaként részt vett az „Inzulin projektben”, majd önálló csoportjával génátviteli kísérleteket folytatott és számos emberi fehérje rekombináns formájának termelését is megoldotta.

Több tanulmányúton vett részt az Egyesült Államokban, Kanadában, Franciaországban, ill. Japánban, az Európai Bizottság szakértőjeként is működött.

Húsz éve a Szegedi Tudományegyetem Általános Orvoskarának professzora. A szegedi és budapesti egyetemeken kívül oktatott Csíkszeredán és Marosvásárhelyen is.

Egykori tanítványai, munkatárai közül került ki akadémikus is, intézeti igazgató is és egyetemi tanár is, a külföldre szakadtak közül ketten professzorok a Harvard, ill. a Cornell egyetemen, egyikük egy jó nevű Boston-i biotech cég tudományos igazgatója, ketten pedig Berlinben a mobilis genetikai elemek kutatásának világszerte elismert vezetői.