Nagy Ferenc 1992 óta vezeti a jogi kar Büntetőjogi és Büntető Eljárásjogi Tanszékét, 1995-tól egyetemi tanár.

Tudományos kutatói tevékenységet a büntető anyagi jog és a büntetés-végrehajtási jog területén folytat. Ezidáig több mint 240 publikációja jelent meg, többek között a büntetőjogi alapelvek, a büntetőjogi szankciórendszer és a büntetéselmélet, valamint a büntetés-végrehajtás elméleti és gyakorlati kérdéseinek számos témakörében. Emellett több egyetemi jegyzet és tankönyv szerzője, illetve társszerzője.

Első ízben 1981/82-ben nyerte el a németországi freiburgi Max-Planck Intézet ösztöndíját, később ugyanott Humboldt-ösztöndíjas, intenzív szakmai kapcsolatokat ápol és kiterjedt publikációs tevékenységet folytat a német nyelvterületen.

Tudományos megbízatásai közül kiemelendő, hogy a Büntető Törvénykönyv átfogó felülvizsgálatára létrehozott Kodifikációs Bizottság társelnöke, majd tagja volt 2001 és 2009 között, s ez idő alatt a Büntetőjogi Kodifikáció c. szakfolyóirat főszerkesztője. A Börtönügyi Társaság elnöke, majd jelenleg tiszteletbeli elnöke, a Börtönügyi Szemle szerkesztő bizottságának tagja.

Célja, hogy tanítványaival tovább vigye a hazai és nemzetközi szintéren is elsősorban elméleti, dogmatikai hagyományairól ismert és elismert „szegedi büntetőjogi iskolát”.