Csernus Sándor a JATE Központi Könyvtárában kezdett dolgozni, majd a Történeti Intézetbe került, jelenleg a Szegedi Tudományegyetem Középkori Egyetemes Történeti Tanszékének oktatója, tanszékvezető egyetemi docens.

Egyetemi oktatói és kutatói karrierjével párhuzamosan itthon és külföldön végzett kulturális diplomáciai és oktatói tevékenységet, 1998-2006 között kulturális tanácsos, a Párizsi Magyar Intézet igazgatója, 2006-2008 között a Balassi Intézet nemzetközi igazgatója volt. Több ízben oktatott külföldön (Franciaországban, Lyon, Angers, Párizs), számos konferencián és több folyóirat szerkesztőbizottságában vett részt.

Szakterülete a középkori politikai struktúrák és politikai gondolkodás, a középkori és kora-újkori európai expanzió, a kelet-nyugati – különösen a magyar-francia – kapcsolatok története. PhD értekezését a középkori francia nyelvű történetírás történetéből írta és jelentette meg (Osiris, 1999, „Doktori mestermunkák” sorozat) és átfogóan tanulmányozta Zsigmond és a Hunyadiak Magyarországának nemzetközi szerepet, és a francia forrásokban kirajzolódó képét. (Megjelent: Századok, 1998., 132. évf.)

Rendszeresen fordít (elsősorban a középkori francia történetírás és politikai gondolkodás legérdekesebb és legszebb szövegeit ülteti át magyarra), továbbá részt vesz (főleg a középkora és a magyar-francia kapcsolatokra vonatkozó) szakmai dokumentumfilmek elkészítésében (Lásd: Kapcsoskönyv 1-12. rész).

Tanulmányozza és oktatja a nemzetközi kapcsolatok történetét, s tart diplomácia-történeti és kulturális diplomácia kurzusokat is. Tevékenyen részt vesz hazai és nemzetközi kulturális és oktatási szervezetek (pl. UNESCO Bizottság tag, TEMPUS Kuratórium, elnök) munkájában, több magas francia és magyar, valamint Szeged városához kötődő kitüntetés, illetve elismerés birtokosa.