A gyermekkori agydaganatok nagyobb részét sajnos a rosszindulatú daganatok teszik ki, azok közül is az esetek többségében a hátsó koponyagödörben elhelyezkedő un. medulloblastomák a leggyakoribbak. A daganat rendszerint alattomosan nő meg és rendszerint a felfedezés pillanatában már közel akkora, mint maga a kisagy. A gyermekek ugyanis sokáig jól tolerálják az átmeneti nyomásemelkedéseket, amit a növekvő daganat produkál és rendszerint csak akkor válnak egyértelművé és állandóvá a panaszok, amikor már szinte teljesen elzárja az agyvíz normális áramlását. Az ekkor már hatalmas daganat sok esetben azonnali beavatkozást igényel. Jellegzetes a kórtörténetben, hogy banalis megfázások kapcsán nehezen múló hányinger, hányás vagy járászavar deríthető ki utólag még ha az átmenetileg mutatott is javulást.
Ezeket a daganatokat a mai álláspont szerint mindenképpen mihamarabb operálni kell és a kiújulásának veszélye miatt rendszerint további onkológiai kezelés (sugárkezelés, kemoterápia, célzott kezelés?) is szükséges. Ebben a típusú daganatban talán a legnagyobb a tudományos előrelépés a genetikai, molekuláris biológiai természet tisztázásának területén. Ez segíthet megítélni a sugárkezelés szükségességét, amelynek ebben az életkorban szintén súlyos mellékhatásai lehetnek.
Ritkábban, de sajnos szintén nagy számban fordulnak elő gyermekkorban az un gliasejt eredetű daganatok, amelyek között teljesen jóindulatú típus (pilocytás astrocytoma) is előfordul. Ezt pusztán műtéti kezeléssel véglegesen is tudjuk gyógyítani a kiújulás veszélye nélkül. A rosszindulatú fajtája azonban gyakran az agytörzset támadja meg gyermekkorban. Ebben a lokalizációban hamar halálhoz is vezethet, mert sok esetben a daganat diffúz szétterjedtsége radikális műtétet lehetetlenné tesz. Vannak azonban formái, amelyek gócos növekedést mutatnak és az ép, még működő agytörzsi struktúrákat csak félretolják. Ezen utóbbi típusok megkülönböztetése a diffúz fajtáktól érthetően döntő fontosságú, amelyben az agyi fontos idegrendszeri pályarendszerek azonosítását, kimutatását lehetővé tevő speciális MRI vizsgálat (tractographia) rendkívül fontos és klinikánkon rutinszerűen használjuk. Erről még a daganatos betegségek kezelésének fejezetében is olvashat. A gócosan növekvő, az ép agytörzset csak félrenyomó daganatok operálhatók, bár műtétük így is magas kockázatú.