A Klinika fekvőbeteg részlegének története két alapon nyugszik. Jogelődjének tekinthető egyrészt a 2001-ig az I. sz. Belgyógyászati Klinikán működő Autoimmun (régebben Kollagén) Osztály, melynek alapjait az 1970-es években Dr. Bencze György professzor fektette le. Itt alakult ki a Dél-alföldi régióban a belgyógyászaton belül a szisztémás autoimmun betegségekre szakosodott ellátás. Miután Bencze professzor az Országos Reumatológiai és Fizikoterápiás Intézetben (ORFI) kapott osztályvezetői kinevezést, Dr. Varga László professzor vette át az Autoimmun Osztály vezetését, majd, miután a szombathelyi kórház belgyógyászati osztályának vezetője lett, Dr. Pokorny Gyula folytatta munkáját. Az I. Belklinikai időszak mindhárom vezetője sokoldalú, széles látókörű belgyógyászként, a súlyos, többszervi érintettségű autoimmun kötőszöveti betegségben szenvedők hozzáértő orvosaként érte el azt, hogy az Autoimmun Osztály országos színvonalú egyetemi regionális központtá vált, és kezelte a Dél-alföldi négy megye szisztémás autoimmun és gyulladásos mozgásszervi betegségben szenvedő betegeit.

A reumatológiai szakma fejlődésének, alapszakmaként történő elfogadásának, és a reumatológiai szakorvosképzés bővülésének következtében került napirendre az ezredforduló táján, hogy a korábbi egyetlen hazai reumatológiai egyetemi tanszék mellett a vidéki orvoskarokon is reumatológiai tanszékek alakuljanak. Az akkori szegedi helyzetnek megfelelően a Reumatológiai Tanszék elhelyezésére a Városi Kórház Reumatológiai Osztályát jelölték ki, mely a kórház Kossuth Lajos sugárúti épületében működött. A 2001-ben alakult Reumatológiai Tanszék vezetését Pokorny Gyula professzor nyerte el, így az akkor háromtagú Autoimmun Osztály (Pokorny professzoron kívül Dr. Kovács Attila és Dr. Kovács László belgyógyász tanársegédek részvételével) átkerült az I. Kórház épületében levő Reumatológiai Osztályra. Így ez az osztály tekinthető a Tanszék másik elődjének, mely a Városi Kórház Belgyógyászati Osztályából 1981-ben kiválva Dr. Szabó Endre főorvos megbízott vezető irányításával túlnyomórészt a krónikus mozgásszervi bántalmak rehabilitációs jellegű ellátásával foglalkozott, komoly elméleti alapokon nyugvó színvonalas fizikoterápiás kezeléseket nyújtva a város és környéke betegeinek. Az osztály dolgozói közül a főorvoson kívül Dr. Sonkodi Gábor reumatológus, kórházi szakorvos volt még tagja a Tanszék induló orvosgárdájának.

A Tanszék a két jogelőd tevékenységeit folytatva kezdetben 33 ágyon és osztályos ambulanciákon látta el mind a regionális szisztémás autoimmunbeteg-gondozás, mind a komplex fizikoterápiás fekvőbeteg-ellátás feladatait. Az osztályon zajló tudományos munka eredményességét jelezte, hogy két munkatárs is PhD fokozatot szerzett. Megindult a reumatológia önálló tantárgyként történő oktatása kötelezően választható tantárgy formájában. Az eredmények értékét növeli, hogy a korábbi megosztott szegedi egészségügyi rendszerben „kihelyezett” tanszékként, kórházi osztályos szervezeti keretek között, az aktív betegellátás céljaira már rendkívül túlhaladott infrastrukturális körülmények között kellett a Tanszéknek ellátnia feladatát. Az országos egészségügyi átalakítás következtében az osztály ágyszáma 2007-ben 25-re csökkent, de szakmai feladatait és jogosultságait megőrizte a Tanszék, és a betegellátás átszervezése révén a csökkentett ágyszámon is el tudta látni feladatait. A Tanszék 2007. október 1-jén a szegedi egészségügyi integráció következményeként kibővült a városi reumatológiai szakrendeléssel és így létrejött a Reumatológiai és Immunológiai Klinika. 2008. márciusában Pokorny professzor tanszékvezetői megbízatása lejárt, ezt követően a Klinikát megbízott intézetvezetőként Prof. Dr. Wittmann Tibor, az I. sz. Belgyógyászati Klinika vezetője irányította. Korszakos előrelépést jelent a Klinika életében a szegedi egészségügyi integrációval kapcsolatos telephely-változtatás, aminek köszönhetően 2009. március 1. óta a Szent-Györgyi Albert Klinikai Központ Kálvária sugárúti tömbjében egy felújított, modern és a betegellátás szempontjából is biztonságos és további fejlődést lehetővé tevő osztályra költözhetett a Klinika. Wittmann professzor vezetése alatt a Klinika személyi állománya jelentősen bővült, ezáltal lehetőség nyílt a fekvő- és járóbeteg ellátás forgalmának növelésére. A szakmai fejlődést segítette a kapillármikroszkópia valamint a korszerű mozgásszervi ultrahang készülék működésbe állítása, és jól tükrözte a biológiai terápiában részesülő betegek és a Klinika gondozásába került szisztémás autoimmun betegek számának folyamatos emelkedése, valamint az egyetemen belüli és regionális szakmai kapcsolatok erősödése.

A Klinikát 2011. január 1. óta Dr. Kovács László tanszékvezető egyetemi docens irányítja. Fő feladat továbbra is a legmagasabb szakmai standardok szerinti korszerű betegellátás végzése, és számos lépés történt a kutatási tevékenység további bővítése és az oktatás színvonalának emelése érdekében is.

A Klinika Szakrendelői Részlegének jogelődje a városi Reumatológiai Szakrendelés, melyet Dr. Domokos József belgyógyász főorvos alapított az 1960-as évek közepén. A balneo-fizioterápiás ellátás az Anna Fürdő gyógyászati részlegén történt. Egy időben mind a városi, mind a Csongrád megyei rendelőintézet keretében párhuzamosan folyt reumatológiai szakellátás a Tisza Lajos körúti illetve a Zöld Sándor (ma Vasas Szent Péter) utcai rendelőintézetben, majd az 1990-es évektől a Tisza Lajos körúti szakrendelőben egységes szakellátás működött. Cserne György szakvezető főorvos tevékenységét Magyar Reumatológusok Egyesülete vezetőségi és Reumatológiai és Fizioterápiás Szakmai Kollégiumi tagsággal is elismerte a szakma vezetése az 1990-es években.