A szegedi Egyetemi Gyógyszertár története egészen 1919-ig nyúlik vissza. A trianoni békeszerződések következtében, a kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem működését be kellett, hogy szüntesse. A román megszállás elől 1920-ban a kolozsvári egyetemet először Budapestre menekítették vagonokban, majd 1921-ben Szeged városa fogadta be Somogyi Szilveszter, Szeged akkori polgármesterének, közbenjárásával. A szegedi Ferenc József Tudományegyetem ünnepélyes megnyitója 1921. október 9-én került megrendezésre, és október 12-én megkezdi a működését. A jogi és a bölcsészeti, valamint a természettudományi kar valamennyi tanszéke ill. az orvos- és gyógyszerésztudományi kar is áttelepült Szeged városába. Az akkori gyógyszertárvezető­, Ferencz Áron, ­Kolozsváron maradt, így 1921-ben Dr. Dávid Lajost bízzák meg a szegedi gyógyszerészképzés és az új Egyetemi gyógyszertár megszervezésével.

1922. január 7-én a Gyógyszertani és Gyógyszerismereti Intézet és az Egyetemi Gyógyszertár megkezdi működését a Kálvária tér 5/b szám alatt Dávid Lajos professzor vezetésével. Az I-II. Vegytani Intézet Tisza Lajos krt. 6. szám alatt kapott helyet, a mai Radnóti Miklós Gimnázium épületében. Egészen 1933-ig a gyógyszerészképzés és az Egyetemi Gyógyszertár a mai Déri Miksa Szakközépiskola és Szakgimnázium épületében működött.

A gyógyszerészképzés bázis intézete az Egyetemi Gyógyszertár volt. Az intézet által kutatott legfontosabb témák az alábbiak voltak: növényi hatóanyagok (elsősorban alkaloidok) izolálása, valamint kvalitatív és kvantitatív meghatározása, új gyógyszerformák fejlesztése (pl. emulziók, korszerű kenő­csök, stabil vizes oldatok, tabletták, kloramfenikol szemcsepp), gyógyszerforma vizsgálati módszerek bevezetés. Végeztek még az intézetben inkompatibilitás vizsgálatokat, valamint kidolgozták az inkompatibilis összetételek technológiai megoldását, klinikai laboratóriumi vizsgálati módszereket fejlesztettek.

Gróf Klebelsberg Kuno kultuszminiszter és Szeged városának támogatásával kiemelkedő fejlesztési lehetőségekhez jutott az egyetem. 1926. október 5-én indult a nagyszabású építkezés a Dóm téren és a Tisza parton. Dávid Lajos keze nyomán, a kor legmodernebb bútorzatával és eszközeivel ellátott épületegyüttesbe költözhetett, a Gyógyszerészeti Intézet és a szegedi Egyetemi Gyógyszertár, valamint több klinika és egyetem intézete. 1933-ban készült el a Dóm téri épületegyüttes, itt kapott helyet Dávid professzor intézete, az Egyetemi Gyógyszertár, és ekkor jelent meg el­őször a gyógyszertár neve mellett a Gyógyszerészeti Intézet. Dóm tér keleti szárnyában nyert elhelyezést az Egyetemi Gyógyszertár és Gyógyszerészeti Intézet.

Dr. Dávid Lajos 1921. és 1958. között volt az Egyetemi Gyógyszertár vezetője. Az Egyetemi Gyógyszertár létrejöttével, nem csak a gyógyszerészképzés, hanem a klinikai-kórházi gyógyszerészet alapkövét is letette Szeged városában.

Az Egyetemi Gyógyszertárat 1958. és 1973. között, mint egyetemi adjunktus vezette, Dr. Fröhlich András, Dr. Dávid Lajos utóda.

Dr. Mezey Géza pályáját a szegedi Egyetemi Gyógyszertárban kezdte, ahol 1973-1993 között a gyógyszertár vezetője volt. A debreceni gyógyszerészképzés szervezője volt 1994-től. Tudományos munkásága kezdetben a végbélkúpok kolloid szerkezetének és a hatóanyagok felszabadulását biztosító tényezők vizsgálatára irányult. Később az injekciók és infúziók stabilitását vizsgálta. A klinikai gyógyszerészet hazai megalapítója. Feldolgozta a gyógyszerrendelés és a gyógyszerről adott információ javításának lehetőségeit, a gyógyszerkölcsönhatásokat és a laboratóriumi vizsgálati eredményeket befolyásoló gyógyszereket. Dr. Barcsay István (1994-1995) vezetése alatt költözött a Központi Gyógyszertár a mai épületébe a Szikra u. 8. szám alá. Dr. Cseh Ibolya (1996-2000), Dr. Jánosi Gabriella (2001-2017) követték őt a gyógyszertár élén. A Központi Gyógyszertár jelenlegi vezetője Dr. Bodó Gabriella.

Ma a gyógyszertár alkalmazásában közel 80 alkalmazott áll, gyógyszerészek és gyógyszertári asszisztensek dolgoznak 1821 betegágy ellátása érdekében.