A magyar képviselőház az 1872: XIX–XX. törvénycikkekben mondta ki az új kolozsvári egyetem alapítását, amelyben a kor minden fontos szakmai szereplője az ősi kolozsvári egyetem átmentett hagyatékát látta. A törvény biztosította az egyetem létét: meghatározta struktúráját, a tanszabadság és az autonómia elvét. A négy kar szerinti fölépítés a kor európai mintáját követte: Bölcsészet-, nyelv- és történettudományi, Jog- és államtudományi, Matematikai és természettudományi valamint Orvostudományi fakultás jött létre. 1872. november 11-én megkezdődött a tanítás az ország második egyetemén, s ennek emlékére tartjuk Szegeden e napon az Egyetem Napját. Összesen 269 hallgató kezdte meg a tanulmányokat, akiket 56 fős tanerő oktatott. A hallgatói létszám tíz év alatt – főleg erdélyi fiatalokból – megkétszereződött, 1910-re pedig megtízszereződött. Az egyetem látogatottsága a 20. század elején Torino, Lyon és Bordeaux egyetemeinek színvonalán állt. Nagymértékben a város támogatásával modern egyetemi struktúra épült ki. Az Erdélyi Múzeum Egyesület pedig tudományos gyűjteményeit bocsátotta az új egyetem rendelkezésére. A kolozsvári egyetem, amely 1881-ben vette föl Ferenc József király nevét, alapító oklevelét pedig 1897-ben kapta meg, regionális oktatási központból országos kisugárzású intézménnyé vált. A kolozsvári egyetem nevét olyan kiemelkedő tanáregyéniségek tették külföldön ismertté, mint pl. a matematikus, nyelvész, természettudós Brassai Sámuel, az állattan tanára Apáthy István, a földrajztudós Cholnoky Jenő, a matematikus Fejér Lipót, a filozófus Bartók György, a jogfilozófus Somló Bódog, a nyelvész Gombocz Zoltán, a zoológus Entz Géza és a történész Szádeczky-Kardoss Lajos. 18 akadémikus fémjelezte az egyetem ekkori tudományos hírnevét. A Ferenc József Tudományegyetem történetében az első világháború hozott tragikus fordulatot. Kolozsvár 1918 decemberében román katonai megszállás alá került. 1919. május 12-én a román katonaság elfoglalta az egyetemet is, majd a rektori hivatal élére a román tanszék professzorát nevezték ki. Az új hatalom célja a kolozsvári román egyetem megszervezése volt, amely 1920-ra állt fel.