Farkas Bertalan Gyulaházán született 1949-ben. Középiskolai tanulmányait Kisvárdán folytatta, érettségi vizsgát a Bessenyei György Gimnáziumban tett. A repülést a nyíregyházi sportreptéren szerette meg és itt határozta el, hogy repülőtiszti főiskolára jelentkezik. 1967–1969 között tanult a Kilián György Repülő Műszaki Főiskolán, 1970-től 1971-ig pedig a szovjet repülőműszaki főiskola növendéke volt. 1972-től 1978-ig a pápai vadászrepülő alakulatánál szolgált vadászpilótaként, 1978-ban önként jelentkezett űrhajósnak.
A Szovjetunió vezette Interkozmosz űrkutatási együttműködés tette lehetővé, hogy a szervezet egy-egy tagországának képviselője is eljuthasson a világűrbe. A magyar űrhajósjelölteket 1977 májusától kezdték kiválogatni a vadászpilóták közül Kecskeméten, a Repülőorvosi Vizsgáló és Kutató Intézetben. A vizsgálatok eredményeképpen négy pilótát választottak ki, akik közül ketten – Farkas Bertalan és Magyari Béla – a Gagarin Űrhajós Kiképző Központban végezték a további felkészülést szovjet kollégáikkal együtt 1978 és 1980 között.
Farkas Bertalan űrhajóstársa és parancsnoka Valerij Kubaszov, Magyari Béláé Vlagyimir Dzsanibekov volt. Mindkét magyar pilóta kiváló eredménnyel végezte el a kiképzést. A jelöltek közül a magyar szervezők választották ki Farkas Bertalant az űrrepülésre, Magyari Béla pedig végig készen állt az esetleges helyettesítésére.
Farkas Bertalan és Valerij Kubaszov 1980. május 26-án indult el a világűrbe a Szojuz–36 űrhajó fedélzetén. A Szaljut–6 űrállomáson Leonyid Popov és Valerij Rjumin szovjet űrhajósok fogadták őket. A nyolcnapos úton Farkas a magyar kutatóintézetek által tervezett orvos-biológiai, fémtechnológiai, fizikai, távérzékelési és erőforrás-kutatási kísérleteket és megfigyeléseket hajtott végre. 1980. június 3-án tértek vissza a Földre a Szojuz–35 űrhajó fedélzetén.
1986-ban a Budapesti Műszaki Egyetem Közlekedésmérnöki Karán szerzett oklevelet, és ugyanettől az évtől a Magyar Tudományos Akadémia – Interkozmosz Tanácsának kutatócsoportjában dolgozott vezetőségi tagként. 1995-ben dandártábornokká nevezték ki, és a Magyar Honvédség repülőszemlélő-helyettesi beosztásba helyezték. 1996 és 1997 között légügyi attasé volt az Amerikai Egyesült Államokban, Washingtonban. Tagja a Nemzetközi űrhajós Szövetség intézőbizottságának. 1997-től, nyugállományú dandártábornok. A Space for Earth Alapítvány, alapító tagja. Az Atlant-Hungary nevű légitársaság résztulajdonosa.