A doktori képzésre jelentkezést követően felvételi vizsgát kell tenni. A felvételizőket az eljárás során kapott pontok alapján rangsorolják, ami alapján kiderül, kik kaphatnak állami ösztöndíjat, kiket lehet önköltséges képzésre felvenni, illetve kik nem vehetők fel. Az állami ösztöndíjat a legjobban teljesítő felvételizők nyerhetik el. A 2016 szeptemberétől induló 2+2 éves képzés esetén ennek összege az első szakaszban havi 140,000 Ft, a második két évben havi 180,000 Ft.

Az iskolák korlátozott számú állami ösztöndíjjal rendelkeznek, ami évente változik. Az egyetemre jutó doktori ösztöndíjtámogatás kiszámításának alapja az egyetem nagysága, a doktori képzés intenzitása, a szakmai háttér és a képzés eredményessége.

Az adott tanévre jutó ösztöndíjak többségét az őszi kezdésre felvételizők nyerik el, de a néhány doktori iskola meghirdet keresztféléves felvételit is, amikor lehetőségei függvényében szintén adhat állami ösztöndíjat.

A 2001. évi LXII. törvény (Kedvezménytörvény) hatálya alá tartozó (horvátországi, romániai, szerbiai, szlovákiai, szlovéniai és ukrajnai) magyar személyek azonos feltétellel vehetnek részt a doktori felvételi eljárásban, így magyar állami ösztöndíjat is kaphatnak, ha elérik a ponthatárt. A Szabályzat IV. fejezetének 25. pontja értelmében az EU polgárait a magyar állampolgárokkal azonos jogok illetik meg.

Önköltséges képzés költségét a doktori iskolák határozzák meg a képzés eszköz- és anyagigényétől függően. Az önköltség mértékét indokolt esetben a doktori iskolák legfeljebb 80%-al mérsékelhetik.