Bölcsészettudományok

• Irodalomtudományi Doktori Iskola
• Málnási Bartók György Filozófia Doktori Iskola
• Neveléstudományi Doktori Iskola
• Nyelvtudományi Doktori Iskola
• Történelemtudományi Doktori Iskola

Társadalomtudományok

• Állam- és Jogtudományi Doktori Iskola
• Közgazdaságtani Doktori Iskola

Orvos- és Gyógyszerésztudományok

• Elméleti Orvostudományok Doktori Iskola
• Klinikai Orvostudományi Doktori Iskola
• Multidiszciplináris Orvostudományok Doktori Iskola
• Interdiszciplináris Orvostudományok Doktori Iskola
• Gyógyszertudományok Doktori Iskola

Természet- és műszaki tudományok

• Biológia Doktori Iskola
• Fizika Doktori Iskola
• Földtudományok Doktori Iskola
• Informatika Doktori Iskola
• Kémia Doktori Iskola
• Környezettudományi Doktori Iskola
• Matematika- és Számítástudományok Doktori Iskola

Kari doktori oldalak

• Állam- és Jogtudományi Kar
• Általános Orvostudományi Kar
• Bölcsészet- és Társadalomtudományi Kar
• Gazdaságtudományi Kar
• Gyógyszerésztudományi Kar
• Természettudományi és Informatikai Kar