Szegedi Tudományegyetem - Ahol tudás és szándék találkozik

Ajánlat sorszáma: SZTE/2024/PSZ14297

Ajánlattételi határidő: 2024. december 07 10:00

Szállítás, teljesítés tervezett időpontja: 2025. február 20.

A beszerzés rövid ismertetője:

43 db humán mintára vonatkozó izolálási, szekvenálási és bioinformatikai kiértékelés

Igénylő egység: SZTE SZAKK Gyermekgyógyászati Klinika és Gyermekegészségügyi Központ

Teljesítési határidő: 2025. február 20., előteljesítés lehetséges

Feladat: A veleszületett genetikai eltérések bioinformatikai analíziséhez szükséges 43 db humán mintára vonatkozó izolálási, szekvenálási és bioinformatikai kiértékelés

ami magába foglalja:

1. Minta: FFPE thick sections or tissue, tumor only (n=17 darab), tumor-kontrol minta pár (n=13+13 darab) összesen 43 minta nukleinsav izolálás

 

2. NGS könyvtár készítés: xGen™ cfDNA & FFPE DNA Library Prep v2 MC (IDT), 2x150 bp paired-end run; Seq throughput: 45 Gbp per sample; Q30 ≥ 85%, Target Coverage: 500x (minden minta esetében, kontrollokat beleértve)

3. Bioinformatikai kiértékelés

• alap bioinformatika: demultiplexing, filtering, trimming
• Nyers adat export: raw FastQ files
• Szekvencia minőségi kontrol: az elvárt minőségi paraméterek meglétének ellenőrzése
• Human Somatikus WES Teljes Bioinformatikai analízise
• Somatikus variáns lehívása és annotációja
• GATK4 mutect2 szomatikus variáns analízis
• Freebayes szomatikus variáns analízis
• A használt analízis pipeline leírások, felhasznált toolok dokumentált parametrizálásának megosztása (potenciális publikációban való közlés és a transzparens ellenőrizhetőség céljából)
• a különböző variánshívók által kapott eredmények aggregációja, közös analízise a jobb specificitás/szenzitivitás érdekében (eggyesített VCF output, evdiencia alapú filtrálási technikák, variánsok konfidencia score-jai)

technikai elvárások:

• a ≥5% variáns allél frekvenciával (VAF) rendelkező szomatikus variánsok detektálása
• érzékeny detektálás az 5-40% VAF variánsokra
• szomatikus variánsok validációja, QC

 

Adatszolgáltatás

 

A kapott mérési eredményeket, jegyzőkönyveket, riportokat és a szekvenálás nyersadatait FastQ, germline/szomatikus variánsok (VCF) formátumokban, és QC metrikák a szolgáltató a megrendelő rendelkezésére bocsájtja

 

Elvárt eredmény:

- laboratóriumi jegyzőkönyvek az elvégzett szekvenálásról

kimeneti szekvenálási és kiértékelési adattáblázatok transzfere

 

Az ajánlatban feltüntetendő adatok

 

• szekvenálás egységára és összeköltsége (nettó, bruttó, Áfa)
• minden egyéb költség

 

Az ajánlati ár csak forintban (HUF) adható meg, amennyiben a benyújtott ajánlaton forintos (HUF) ár nem szerepel, az ajánlatot érvénytelennek nyilvánítjuk!

 

 

Fizetési feltételek: megrendelés teljesítése után utólag, 30 napos átutalással

 

Számlázási cím:

Szegedi Tudományegyetem, 6720 Szeged, Dugonics tér 13.

Számlaküldési cím: SZTE SZAKK Gyermekgyógyászati Klinika és Gyermekegészségügyi Központ, 6720 Szeged, Korányi fasor 14-05.

 

 

Az ajánlatkérő szakmai kapcsolattartója:

dr. Kalmár Tibor, tudományos főmunkatárs

Telefon: +36-30/291-9765

E-mail: kalmar.tibor@med.u-szeged.hu

 

 

Kérjük, hogy a kiírással kapcsolatosan felmerülő kérdéseket a megadott szakmai kapcsolattartó mellett a beszerzést intéző részére (naszne.macsai.anita@szte.hu) is feltétlen küldjék meg!

Bírálati szempont: legalacsonyabb összegű ellenszolgáltatás


További információk:

Ajánlattevővel szembeni elvárások:

 

„Ajánlattevő minősüljön átlátható szervezetnek az államháztartásról szóló 2011. évi CXCV. törvény 41. (6) bekezdésében foglaltak alapján. Ajánlatkérő az ajánlatok értékelésekor ellenőrzi, hogy az átláthatóság igazolására szolgáló dokumentum nyilvántartásában rendelkezésre áll-e, szükség esetén az átláthatósági nyilatkozatot hiánypótlásban kéri be.”

 

 Ajánlati kötöttség a bontás napjától számított 30 nap.

 

„Az SZTE Beszerzési Igazgatóság nyílt ajánlattételi (Webra) rendszer keretén belül lebonyolított beszerzési eljárásai során a beszerzési szabályzat lehetőséget nyújt az Ajánlattevők részére iratbetekintésre meghatározott feltételek mellett. A fentiek alapján tájékoztatjuk az Ajánlattevőket, hogy ajánlatukban az üzleti titkot tartalmazó iratok nyilvánosságra hozatalát megtilthatják. Az üzleti titkot tartalmazó irat kizárólag olyan információt tartalmazhat, amelynek nyilvánosságra hozatala az ajánlattevő üzleti tevékenysége szempontjából aránytalan sérelmet okozna. Ajánlattevő nem tilthatja meg nevének, címének (székhelyének, lakóhelyének), valamint olyan adatoknak a nyilvánosságra hozatalát, amelyek az értékelési szempont(ok) alapján értékelésre kerülnek, az alkalmasság igazolása körében bemutatott adatokat, továbbá az ajánlatban meghatározott áruk, építési beruházások, szolgáltatások leírását, kivéve a leírásnak azt a jól meghatározható, elkülönített elemét, amelynek nyilvánosságra hozatala az ajánlattevő üzleti tevékenysége szempontjából aránytalan sérelmet okozna.”

 

Ajánlat benyújtásának módja:
Felhívjuk az ajánlattevők figyelmét, hogy 2015.09.01-től ajánlatot kizárólag csak elektronikus formában, - a honlapon feltöltve - fogad be az ajánlatkérő.
( A borítékban beadott ajánlat érvénytelen!)
A dokumentációban kérjük feltüntetni az ajánlati sorszámot. Ajánlatát cégszerűen aláírt pdf formátumban, az adott eljárás weboldalán a jobb felső sarokban levő "ajánlattétel" linken keresztül tudja az ajánlattevő feltölteni.

További információ kérhető:

Az ajánlatkérő hivatalos kapcsolattartója: Kuczora Attila, irodavezető

kuczora.attila@gmf.u-szeged.hu

Az ajánlatkérő szakmai kapcsolattartója: Dr. Kalmár Tibor, tudományos főmunkatárs SZTE SZAKK Gyermekgyógyászati Klinika és Gyermekegészségügyi Központ, tel: +36030/291-9765

email: kalmar.tibor@med.u-szeged.hu


Felek rögzítik, amennyiben a finanszírozás az európai uniós forrásfinanszírozás keretrendszerében történik a 272/2014. (XI. 5.) Korm. rendelet 39. § (8) és 256/2021. (V. 18.) Korm. rendelet 52/A. § (6) és a 373/2022. (IX. 30.) Korm. rendelet 34. § (6) foglaltaknak megfelelően Eladó/ Megbízott/ Vállalkozó összeférhetetlenségi nyilatkozatot tesz Megrendelő/ Vevő kérésére az iránymutatás az összeférhetetlenségek költségvetési rendelet szerinti elkerüléséről és kezeléséről szóló bizottsági közlemény (2021/C 121/01) szerinti esetekben.
Eladó/ Megbízott/ Vállalkozó köteles nyilatkozatot tenni alvállalkozó igénybe vételéről és alvállalkozó igénybevétele esetén adott esetben aláírt alvállalkozói nyilatkozatot Megrendelő/Vevő kérésére kiállítani. Megrendelő/Vevő a részszámla/végszámla befogadásának feltételeként köti ki, hogy a Eladói/ Megbízotti/ Vállalkozói és alvállalkozói összeférhetetlenségi nyilatkozatokat Megrendelő/Vevő kérésének eleget téve Eladó/ Megbízott/ Vállalkozó aláírt eredeti példányát elektronikus úton és papír alapon is rendelkezésre bocsátotta.
Amennyiben Eladó/ Megbízott/ Vállalkozó illetve igénybe vett alvállalkozó adataiban olyan változás következik be, mely érinti az összeférhetetlenségi nyilatkozatot, úgy a módosított nyilatkozatokat Eladó/ Megbízott/ Vállalkozó megküldi Megrendelő/Vevő részére elektronikus formában és papír alapon egyaránt.

Az eljárás nyelve: magyar, de az ajánlatkérő angol nyelvű ajánlatot is elfogad. Jelen felhívással Ajánlatkérő olyan cégek jelentkezését várja, akik megfelelő pénzügyi háttérrel rendelkeznek valamint képesek a mielőbbi szállítására. Az ajánlatkérő fenntartja magának a jogot, hogy az ajánlattevőktől további írásbeli tájékoztatást kérjen 5 munkanapon belül, a tájékoztatási igény minden ajánlattevőnek történő egyidejű megküldésével, az érvényes jelentkezések alapján. Ezek után az ajánlatkérő elvégzi az ajánlatok értékelését, amelynek eredményéről a lehető legrövidebb időn belül értesíti az Ajánlattevőket.

Ajánlatkérő fenntartja magának a jogot, hogy a jelen felhívás lefolytatásától indoklás nélkül részlegesen, illetve teljes mértékben elálljon. Az Ajánlatkérő nem vállal felelősséget az elállásból származó következményekért.

A jelen felhívás egyetlen Ajánlattevő által sem tekinthető az Ajánlatkérő által tett szerződéses ajánlatnak vagy kötelezettségvállalásnak. A felhívás és a pályázati eljárás az Ajánlatkérő belső szabályai alapján történik.

Nyertes ajánlattevő: Pécsi Tudományegyetem
Nyertes ajánlati ár: 7 697 000,-Ft+ÁFA