A Szegedi Tudományegyetem története Erdély virágzásának korszakában kezdődött, amikor Báthory István királysága alatt, Kolozsvárott, 1579-ben létrejött a Szegedi Tudományegyetem elődje, a "Báthory" egyetem.
Az 1773-ig működő egyetem újjászervezését 1775-ben Mária Terézia kezdeményezte. Intézkedett a hittudományi, bölcseleti és jogi karok felállításáról, elrendelte az orvosi kar megindítását. A betegágy melletti oktatást a 4-4 fős női illetve férfi kórterem kialakítása után, 1817-ben vezették be. A hároméves képzésben részt vevő hallgatók létszáma évfolyamonként tíz és húsz között váltakozott.
Az 1848-as forradalom bukása után az egyetem tanszékeit átszervezték, szétdarabolták. A kiegyezés után megindult az egyetem újjászervezése, 1872-ben döntés született a Kolozsvári magyar királyi Ferenc József Tudományegyetem megindításának szükségességéről. 40 tanár vezetésével, a következő négy karon indult meg az oktatás: jog- és államtudományi, orvostudományi, bölcsészet-, nyelv- és történettudományi, valamint matematikai és természettudományi. Az orvosképzést szolgáló klinikák építése 1897-ben kezdődött meg és 1903-ig tartott.
Az első világháború végén a mai Románia területére került egyetem tanárainak jelentős része elhagyta az egyetemi várost, többségük Debrecenbe vagy Budapestre került. Vidéki egyetem telepítésének igénye merült fel, erre Szeged alkalmasnak bizonyult. A szegedi egyetem ünnepélyes megnyitására 1921. október 11-én került sor. Az 1921-22-es tanév I. félévében a szegedi egyetem kötelékébe 317 joghallgató, 560 medikus és medika, 39 bölcsész tartozott, miközben a matematikával vagy a természettudományokkal 91 fiatal ismerkedett. A klinikák építése Szegeden 1926-ban kezdődött meg.
Az új Tisza-parti Belgyógyászati klinikán, 1931-ben Rusznyák István vezetésével indult meg a munka. A második világháborút követően Purjesz Béla (1944-1947), majd Hetényi Géza (1947-1959) voltak az intézet vezető tanárai. 1950-ben az Egészségügyi Minisztérium utasítására a klinikák átalakultak, így Szegeden is létrejött az I. és a II. számú Belgyógyászati Klinika.
Hetényi Gézát követően az I. számú Belgyógyászati Klinikát Julesz Miklós (1959-1972), majd Varró Vince (1972-1991) vezették a klinikai munkát. Lonovics János 1991-2007 között, Wittmann Tibor 2007-2014 között, majd Ábrahám György 2014-2018. között volt a klinika igazgatója. 2018. július 1-től Lengyel Csaba tanszékvezető egyetemi tanár vezette az I. sz. Belgyógyászati Klinikán folyó munkát.
1950-ben az Egészségügyi Minisztérium utasítására alakultak meg a II. számú klinikák, így a II. számú Belgyógyászati Klinika a (Rókusi) Kórház Belosztályának 2-3 kórtermét kapta meg, és ott kezdte meg gyógyító és oktató tevékenységét Dr. Czoniczer Gábor professzor vezetésével. 1951-ben, látva a klinika sanyarú körülményeit, Ratkó Anna miniszter elrendelte a klinika átköltöztetését a Bőrgyógyászati Klinika harmadik és részben második emeletére. 1957-ben Czoniczer professzor külföldre távozását követően a megbízott vezető Dr. Szigeti István lett. 1958-ban Dr. Julesz Miklóst nevezték ki a II. számú Belgyógyászati Klinika igazgatójának, aki 1959-ben az I. számú Belgyógyászati Klinika vezetője lett. 1960-ig újból Dr. Szigeti István vezette a klinikát, majd 1961-1969 között Dr. Földi Mihály, míg 1970-1973 között Dr. Varró Vince irányította a szakmai munkát. Dr. Varró Vince I. számú Belgyógyászati Klinikára történt átkerülését követően Dr. Cserháti István nyert vezetői kinevezést a II. sz. Belgyógyászati Klinikára, melyet 1986-ban bekövetkezett tragikus haláláig vezetett. Utódjaként 1987-től 2002-ig a klinika igazgatója Dr. Csanády Miklós professzor volt, majd 2019-ig Dr. Forster Tamás látta el a vezetői tisztséget. 2019 és 2020 között az intézet megbízott igazgatója Dr. Sepp Róbert volt.
A sok "vezető-váltás" egyben "profil-váltást" is eredményezett a II. számú Belgyógyászati Klinikán. Czoniczer professzor az általános belgyógyászatot művelte, Julesz professzor idejében endokrinológiai betegek kerültek a "speciális" osztályra. Földi professzor kutató munkája a nyirokkeringési zavarok és vesebetegségek vizsgálatára irányult és ebben a klinikai oktatói is nagy számban vettek részt. Varró professzor gastro-enterológiai elkötelezettsége nyomán korszerűen működő speciális osztály és igen kiterjedt ilyen irányú kutatómunka folyt a klinikán. Míg Cserháti professzor fő érdeklődési területe a hematológia volt, addig Csanády és Forster professzorok kardiológusként váltak regionális és országos hírű klinikussá és tudóssá.
Hosszas előkészítő munkát követően 2020. július 1-jén valósult meg az I. és II. számú Belgyógyászati Klinika integrációja. A Belgyógyászati Klinika vezetésére Lengyel Csaba kapott megbízást. A Belgyógyászati Klinika integrációjának fő célja az volt, hogy a szűkös erőforrások és a behatárolt kubaturális lehetőségek optimális kihasználása révén a betegellátás színvonala emelkedjék a szakmaspecifitás és a progresszív ellátás előtérbe helyezésével, valamint új ellátási formák és tevékenységek bevezetésével.
A 2020. év elején kezdődő, majd annak tavaszára kicsúcsosodó Covid pandémia azonban ezeket a terveket és a mindennapokat teljes mértékben megváltoztatta. A világjárvány csendesedése 2022. tavaszán adott lehetőséget arra, hogy a korábbi terveknek megfelelően elkezdődjön, a tervezett új ellátási formák bevezetése, kiválósági központok kialakítása, a hagyomány alapú ellátások helyett evidencia alapú betegutak kidolgozása.
A Covid járvány során a járványügyi feladatok ellátása rávilágított arra, hogy a korábbi 15 ágyon működő infektológiai osztály kapacitása igen szűkös, ezért jelentős egyetemi szakmai és társadalmi összefogást követően nyílt meg 2022. decemberében a Belgyógyászati Klinikához tartozó, újonnan felépített Purjesz Béla Infektológiai Klinika és Oktatási Központ. Ebben az új épületben kiemelkedő szerepet kap a magas színvonalú sürgősségi belgyógyászati és szubintenzív ellátás, valamint a kor követelményeinek megfelelő graduális és postgraduális oktatás.
A Belgyógyászati Klinika integrált működési szervezetének kiépítésének fontos mérföldköve a szakmaspecifikus centrumok kialakítása. 2023. június 15-től a Belgyógyászati Klinikán belül megkezdte működését az Anyagcsere és Endokrinológiai Centrum, a Gasztroenterológiai Centrum, a Geriátria és Krónikus Belgyógyászati Centrum, a Nefrológiai és Hypertonia Centrum, a Kardiológiai Centrum, a Hematológiai és Transzplantációs Centrum, és az Infektológiai és Akut Belgyógyászati Centrum.
Az egészségügyről szóló törvény módosításának megfelelően 2023. július 1-től a Belgyógyászati Klinikába integrálódott a Szentesi Dr. Bugyi István Kórház, valamint a Deszki Mellkasi Betegségek Szakkórháza belgyógyászati részlege. Az elkövetkező időben ezen részlegeinknek a Belgyógyászati Klinika egészében történő maximális integrációján dolgozunk.
A Belgyógyászati Klinika betegellátó, oktató és kutató munkáját Lengyel Csaba tanszékvezető egyetemi tanár és Várkonyi Tamás klinikai igazgató egyetemi tanár irányítja.
