RNS minta izolálása és feldolgozása TRIzol-ban (Ambion, Life technologies) felvett és fagyasztva (-72 °C) tárolt sejtkultúra mintákból. RNS szekvenálás: 75 bp read-hosszúság, átlagosan 15-20 M read/minta.

A feldolgozásra kerülő minták típusának száma 7, amely 7 különböző sejttípusból származik; 1 mintatípus tartalmaz kezeletlen kontroll és kezelt mintát, két párhuzamossal (n=2), vagyis összesen 28 mérendő minta lesz.

a. A nyers szekvenálási adatok illesztése HISAT2 algoritmus (vagy ezzel egyenértékű) segítségével, humán referencia genomra (GRCh38). Downstream elemzés StrandNGS szoftver segítségével, normalizálás a program DESeq algoritmusával. Tesztelési korrekciók végzése a differenciálisan expresszálódó gének azonosítására, szigorúbb (with MTC) és egy kevésbé szigorú (no MTC) módszerrel.
b. A differenciálisgénexpressziót mutató gének azonosítását követően heatmap-ek, Venn diagrammok generálása. Minták és kezelések közötti statisztikai és bioinformatikai elemzések a génexpressziós mintázatok meghatározásához.
c. A gének közötti kapcsolatok és az általuk definiált biológiai útvonalak azonosítása (Pathway analízis) a Cytoscape program ClueGO applikációjával (KEGG és GO adatbázisok alapján).

A jelen felhívás egyetlen Ajánlattevő által sem tekinthető az Ajánlatkérő által tett szerződéses ajánlatnak vagy kötelezettségvállalásnak. A felhívás és a pályázati eljárás az Ajánlatkérő belső szabályai alapján történik.

>>>>Az SZTE Kötelezettségvállalási Szabályzata alapján amennyiben a szerződéses ajánlat értéke meghaladja a bruttó 2 Mft-ot, érvényes szerződés csak az SZTE Kancellár jóváhagyásával köthető. Erre tekintettel tájékoztatjuk a Szolgáltatót/Szállítót, hogy a kancellári jóváhagyás elmaradása esetén a szerződést a Megrendelőnek nem áll módjában megkötni.<<<<

>>>>Ajánlati kötöttség a bontás napjától számított 30 nap.<<<<

Fizetési feltételek:

A szolgáltatás díja átutalással, egy összegben kerül kifizetésre a számla kézhezvételétől számított 30 napon belüli fizetési határidővel, banki átutalással, az Intézet által igazolt teljesítést követően.

Kérjük, a beadott ajánlaton a következő paraméterek szerepeljenek:

• Az ajánlattevő cég pontos adatai. Kérjük, az ajánlattevő cégneve, címe ugyanaz legyen az árajánlaton, amely a megrendelés után kiállítandó számlán is szerepel majd. Ha ez nem megoldható, kérjük minél hamarabb jelezni felénk.
• A szolgáltatás(ok) pontos neve és leírása.
• A szolgáltatás(ok) ára a kiírásban szereplő mennyiségekre
  • Kérjük, adja meg a mindösszesen árat (nettó, ÁFA és bruttó) . Az Ajánlattevő a megadott ajánlati áron felül egyéb költségtérítést nem nyújthat be az Ajánlatkérő részére, az ajánlati ár fix, annak tartalmaznia kell az összes adó, illeték, szállítási vagy egyéb járulékos költségeket is (pl. EUR/Ft árfolyamváltozás miatti kockázat), a hatályos magyar jogszabályok szerint. Ha az ajánlaton nem szerepel egyértelműen, hogy a végösszeg tartalmazza-e a helyszínre szállítás költségeit, Ajánlatkérő úgy fogja értelmezni, hogy a végösszeg tartalmazza a szállítási, kezelési költséget (amennyiben releváns)
    
  • Kérjük a pénznemet is szerepeltetni az ajánlaton. Elfogadott pénznemek: HUF, EUR, USD, GBP, SEK, CHF, NOK, DKK, CAD, AUD, JPY, CZK. FIGYELEM! A devizában megjelölt ajánlati ár a bontás napján érvényes MNB középárfolyamon átszámított forint értékben kerül bírálatra és az árfolyamkockázatot az Ajánlattevőnek kell viselnie (a számlán szereplő devizás érték - számlázás napján érvényes MNB árfolyamon átszámított - forint értéke nem haladhatja meg a bontási jegyzőkönyvben szereplő forint értéket).
  • Az ajánlati ár a rész-, illetve a végösszesen tekintetében is meg kell, hogy egyezzen a teljesítés napján kiállítandó számlán szereplő összegekkel.
• Szállítás módja - amennyiben releváns - és a teljesítési határidő
  
• Fizetési feltételek. Kérjük, a feltöltött árajánlaton olyan fizetési feltételt tüntessenek fel, amely a megrendelés után kiállítandó számlán is szerepel majd. Utólagosan, minimum 30 napos átutalással tud az egyetem ezen kiírás szerint kifizetést teljesíteni -- az ajánlaton szerepeltetni szükséges ennek megadását.
• Az ajánlat érvényessége. Az ajánlat érvényességének legalább 30 napnak kell lennie, figyelembe véve a beszerzési folyamat elhúzódását. Az ajánlat dátuma és az ajánlat érvényessége nem lehet korábbi, mint az ajánlattételi felhívás kezdete
• Cégszerű aláírás. A pecséten ne szerepeljen az ajánlattevő cégnevétől eltérő cégnév.
• A specifikációban szereplő "Ajánlattevővel szembeni elvárások" teljesítését igazoló dokumentáció